集美大学;华东师范大学;宁夏夏盛实业集团有限公司倪辉获国家专利权
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龙图腾网获悉集美大学;华东师范大学;宁夏夏盛实业集团有限公司申请的专利一种提高酶分子突变位点筛选效率的分子改造设计方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115662511B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-24发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211347191.X,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权一种提高酶分子突变位点筛选效率的分子改造设计方法是由倪辉;龙香;张鲁嘉;冯英慧;沈涛;杜新园;龚蕾设计研发完成,并于2022-10-31向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种提高酶分子突变位点筛选效率的分子改造设计方法在说明书摘要公布了:本发明适用于生物工程技术领域,提供了一种提高酶分子突变位点筛选效率的分子改造设计方法,以开源软件AutoDock、Pymol为基础,结合构建的筛选方案,采用全理性蛋白酶设计改造方法,通过定点突变,分子对接以及构建突变位点筛选方案的方法,进行酶分子的全理性设计改造,从而提升酶分子的性能。基于此方法建立的应用系统方便用户在实验前测试大量的突变位点并优先选择突变位点,提升了酶分子突变位点筛选的效率,节约人力、物力和财力。
本发明授权一种提高酶分子突变位点筛选效率的分子改造设计方法在权利要求书中公布了:1.一种提高酶分子突变位点筛选效率的分子改造设计方法,其特征在于,所述方法包括: 预先从PDB数据库中下载蛋白结构并通过Pymol软件处理蛋白结构;通过Chemdraw绘制好配体结构,然后通过Chem3D软件MM2分子力学的方法优化配体结构; 选定经过软件处理蛋白结构中想要突变的蛋白位点; 通过Pymol的Mutagenesis模块的功能对选定的蛋白位点构建定点突变,得到突变后的蛋白结构; 将突变后的蛋白结构与配体通过AutoDock对接计算,生成复合物结构; 基于复合物结构,将每个单突蛋白输出的10种构象的BindingEnergey按照升序方式进行排列,并选取最低分的BindingEnergey; 根据确定的蛋白的催化机制,确定参与反应的关键氨基酸及其与配体的相互作用方式,再确定发生催化反应的关键氨基酸上的原子与配体上的原子,基于选取的每个单突蛋白对接后最低分的BindingEnergy的复合物结构,测量关键氨基酸上的原子与配体上的原子之间的距离; 将选择的所有突变位点的蛋白的最低分的BindingEnergy进行比较,按照得分的升序方式排列,选出前置百分比最低分的蛋白突变位点并导出至txt文件;将所有单突蛋白对接后基于最低分BindingEnergy的结构测得的最低分的距离进行比较,按照得分的升序方式排列,选出前置百分比最低分的蛋白突变位点并导出至txt文件;两种方案输出至同一txt文件中,并用设定标识分隔开,若两种方案的蛋白突变位点有重合,则将重合的蛋白突变位点加*表示,此突变位点为优先选择项。
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