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基于领域自适应和分层微调的空间解析单细胞状态建模方法及系统
本发明涉及一种基于领域自适应和分层微调的空间解析单细胞状态建模方法及系统,方法包括:获取多重免疫荧光图像及单细胞分割掩码,构建无标签数据集;构建由ViT编码器和线性解码器组成的掩码自编码器,在图像前添加分类令牌,基于无标签数据集对掩码自编码...
一种蛋白数据库搜索与从头测序模型及其训练方法
本发明提供一种蛋白数据库搜索与从头测序模型及其训练方法,模型包括肽段序列编码器、质谱图编码器、联合模态打分器和肽段长度感知解码器,方法包括利用训练集对模型进行多轮训练,每个样本包括质谱数据和真实肽段序列。每轮根据质谱数据搜索候选肽段集合;利...
基于多模态融合的药物靶点关联预测方法及系统
本发明公开了一种基于多模态融合的药物靶点关联预测方法及系统,方案提出模态保留和交互式融合策略,通过双线性模型保留药物与靶点各自在序列语义、三维几何结构等模态中的特异性信息,而且显式地建模这些模态间复杂的高阶交互关系,同时,引入跨模态对比学习...
基于网络靶向综合指数的中药智能匹配系统及其筛选方法
基于网络靶向综合指数的中药智能筛选方法,属于中药智能筛选技术领域。方法包括:构建每味中药对应的靶点集合A以及蛋白质互作网络数据库;基于蛋白质互作网络构建疾病核心基因集合B;基于靶点集合A和疾病核心基因集合B计算网络靶向综合指数;计算每味中药...
基于显式关联建模的基因调控网络预测方法及系统
本发明公开了一种基于显式关联建模的基因调控网络预测方法及系统, 该方法包括:获取单细胞RNA测序数据的基因表达矩阵以及基于先验知识构建的先验调控图的邻接矩阵,并输入至图神经网络模型;其中,图神经网络模型被配置为通过层内消息传递空间和层间消息...
预测玉米多种表型性状的通用SNP分子标记及其筛选方法和预测系统
本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及预测玉米多种表型性状的通用SNP分子标记及其筛选方法和预测系统。本发明通过基因型数据的向量化转化,对转化后的基因型数据进行互信息筛选、LD过滤、LASSO和随机森林融合筛选三次降维,层层剔除无效、冗余标...
测序数据误差校正方法、装置、电子设备及存储介质
本公开提供了一种测序数据误差校正方法、装置、电子设备及存储介质。其中,该方法包括:获取长读长测序数据,长读长测序数据中包括串联重复区域;采用第一编码方式对串联重复区域以及串联重复区域的上下游测序数据进行编码,得到碱基连续性特征;采用第二编码...
一种分析沙门氏菌感染对鸡肝脏转录组RNA m6A修饰影响的方法
本发明公开一种分析沙门氏菌感染对鸡肝脏转录组RNA m6A修饰影响的方法,涉及生物工程技术领域,包括以下步骤:动物模型建立与样本采集,RNA提取、测序及数据质控,生物信息学分析及差异m6A peaks鉴定,数据整合与功能富集分析;本发明通过...
一种用于全基因组甲基化测序的基因测序数据管理方法
本发明公开了一种用于全基因组甲基化测序的基因测序数据管理方法,涉及基因测序数据管理技术领域,该方法包括:获取原始基因测序数据并进行预处理,生成区域甲基化矩阵;基于区域甲基化矩阵和样本元数据计算各区域单元的技术差异度量和表型差异度量,识别技术...
一种基于胰腺癌相关基因组标志物的胰腺癌风险预估方法和系统
本发明公开了一种基于胰腺癌相关基因组标志物的胰腺癌风险预估方法和系统。该方法包括:采集待评估对象的基础信息和外周血样本;对所述外周血样本进行基因检测,获取包括单核苷酸多态性位点和胰腺癌相关罕见胚系突变基因在内的基因组标志物数据;对所述基因组...
环境样品中抗生素耐药基因的溯源解析及其多生境同源性评估方法
本发明公开了一种环境样品中抗生素耐药基因的溯源解析及其多生境同源性评估方法,服务于耐药基因的跨生境传播及潜在来源的识别;包括:1)建立各环境样品中抗生素耐药基因的多元丰度矩阵,利用机器学习算法构建耐药基因溯源模型,精准预测不同生境对目标生境...
一种基于共识峰识别的群体表观遗传分析方法及系统
本发明提供了一种基于共识峰识别的群体表观遗传分析方法及系统,属于生物信息学技术领域,方法包括:S1、基于位置偏移阈值和最小样本比例从多样本峰文件中识别共识峰;S2、基于片段/读段计算共识峰的覆盖深度,得到原始峰强度矩阵;S3、通过GC含量分...
一种基于病理图像的空间基因表达图谱预测方法
本发明提供一种基于病理图像的空间基因表达图谱预测方法,涉及生物医学技术领域,该方法为通过对病理图像进行高分辨率数字化扫描,得到原始染色图像;将原始染色图像与空间表达矩阵聚合,得到训练数据集;利用训练数据集对图谱预测模型进行训练,得到训练好的...
一种亲本基因组育种值精准评估的标记筛选与模型构建方法
本发明公开了一种亲本基因组育种值精准评估的标记筛选与模型构建方法,属于分子育种与基因组学技术领域。该方法包括:获取参考群体的基因分型数据及目标性状表型数据,并进行数字化编码;计算各标记位点的次要等位基因频率(MAF)和连锁不平衡分数(LD ...
基于支气管肺泡灌洗液mNGS菌群预测ICU患者结局的系统
本发明涉及分子生物医学技术领域,特别是涉及一种基于支气管肺泡灌洗液mNGS菌群结合机器学习预测ICU患者结局的方法及系统,本发明公开的mNGS检测技术步骤包括肺泡灌洗液中核酸提取、文库构建、上机测序、菌群分析及机器学习预测模型的构建。利用本...
基于深度学习的高通量基因测序数据分析系统
本发明公开了基于深度学习的高通量基因测序数据分析系统,具体涉及生物信息学技术领域,该系统首先对多源测序读段进行质控与统一坐标映射,构建统一张量表示;进而通过深度特征提取网络融合外部信息,生成综合特征向量,并利用梯度提升树模型计算变异综合风险...
一种病原微生物的检测方法、装置、终端设备和程序产品
本申请提供一种病原微生物的检测方法、装置、终端设备和程序产品,其方法包括:确定待测样本对应的多个测序序列;针对每一测序序列,将测序序列与参考数据库进行BLASTN比对,确定与测序序列匹配的匹配序列;针对每个待测病原微生物,根据匹配序列确定与...
多阶段基因数据精确匹配方法和系统
本申请涉及多阶段基因数据精确匹配的方法及系统,其包括:根据预先设定的初始长度K,从待处理的读段序列选取连续的K个碱基作为检索字符串,通过Kmer‑Index算法从预先按照长度K构建的哈希表中确定所述检索字符串在参考基因组的匹配区间;在所述匹...
基于实体知识驱动的语言模型对琥珀酰化位点的识别方法
本发明属于生物信息学与计算生物学交叉领域,涉及基于实体知识驱动的语言模型对琥珀酰化位点的识别方法。该方法先融合氨基酸组成(AAC)、One‑Hot编码及基于残基距离的特征(DR)构建多维复合特征集,再将实体知识增强的LUKE模型与鲁棒性优化...
基于多特征融合与双层集成学习的抗癌肽识别方法及系统
本发明公开了基于多特征融合与双层集成学习的抗癌肽识别方法及系统,方法包括:S1,数据预处理;S2,基于蛋白质语言模型的特征提取和特征融合;S3,特征提取;S4,对高维特征进行降维处理;S5,将多源特征集合中的每一个特征向量分别输入对应的XG...
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