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基于机器学习的环境样品中细菌抗生素耐药风险评估方法
本发明公开了一种基于机器学习的环境样品中细菌抗生素耐药风险评估方法,适用于空气、水体及土壤等环境多介质。包括:1)识别和定量环境样品中高风险性细菌抗生素耐药基因;2)利用机器学习模型与SHAP可解释性分析鉴别高风险性耐药基因的关键环境影响因...
基于多组学分析和机器学习的奶牛酮病调控基因预测系统
本发明提供了一种基于多组学分析和机器学习的奶牛酮病调控基因预测系统,属于分子育种与疾病防控技术领域,该系统包括:数据采集与预处理模块、特征集建立模块、机器学习模型建立模块、结果评估模块,整合奶牛基因组、转录组及代谢组数据,经全基因组关联分析...
一种基于单细胞转录组多维特征的良恶性细胞精准鉴定方法
本发明公开了一种基于单细胞转录组多维特征的良恶性细胞精准鉴定方法,属于生物信息学、肿瘤分子生物学和细胞鉴定技术领域。以肿瘤组织及癌旁组织的单细胞转录组测序数据为基础,综合拷贝数变异、等位基因特异拷贝数变异及肿瘤相关转录特征三类信息,通过多证...
一种单细胞与空间转录组数据整合的多组学分析系统
本发明提出一种单细胞与空间转录组数据整合的多组学分析系统,涉及生物信息学与计算生物学技术领域,包括输入处理模块、数据整合对齐模块、联合分析模块和可视化输出模块;本发明通过引入双重特征锚定策略,结合差异表达基因与保守的基因共变关系,构建了生物...
适配蛋白质语言模型的多模态酶动力学参数预测方法
本发明涉及人工智能和生物信息学交叉技术领域,尤其涉及适配蛋白质语言模型的多模态酶动力学参数预测方法。其主要针对现有处理方法对酶促反应动态机制建模缺失及三维结构利用不足的问题,提出如下技术方案:步骤一、多模态数据获取与预处理;步骤二、蛋白质语...
细胞命运决定因子识别方法及相关装置
本发明涉及一种细胞命运决定因子识别方法及相关装置,属于生物信息学技术领域,其中,该细胞命运决定因子识别方法包括:确定单细胞转录组测序数据中转录因子和目标基因在细胞内的表达量,并构建细胞谱系;基于细胞谱系中各细胞簇中各转录因子在细胞内的表达量...
一种基于图神经网络与对比学习的单细胞水平动态基因调控网络推断方法和系统
本发明提出了一种基于图神经网络与对比学习的单细胞水平动态基因调控网络推断方法,旨在解决现有单组学方法因无法刻画细胞异质性,而难以揭示单细胞分辨率下基因调控关系动态变化的问题。该方法包括以下步骤:首先,分别通过对比学习与图表示学习预训练生成细...
代谢相关脂肪性肝病关键转录因子的筛选方法
本发明公开了一种代谢相关脂肪性肝病关键转录因子的筛选方法,其包括:S1:获取MAFLD患者肝组织及正常对照肝组织的转录组测序数据,对转录组测序数据进行标准化及批次效应校正,构建统一表达矩阵;进行差异表达分析,筛选出候选基因集合;S2:提取所...
一种基于布尔网络的抗2型糖尿病多靶点药物的筛选方法
本发明公开了一种基于布尔网络的抗2型糖尿病多靶点药物的筛选方法,属于生物医药技术领域。该方法构建动态网络模型,将相关信号通路转化为计算框架,经扰动分析识别协同靶点组合(DPP‑4和GPR40),利用吸引子特性精准定位最小干预节点集合,再构建...
基于多特征融合与双层集成学习的抗癌肽识别方法及系统
本发明公开了基于多特征融合与双层集成学习的抗癌肽识别方法及系统,方法包括:S1,数据预处理;S2,基于蛋白质语言模型的特征提取和特征融合;S3,特征提取;S4,对高维特征进行降维处理;S5,将多源特征集合中的每一个特征向量分别输入对应的XG...
基于实体知识驱动的语言模型对琥珀酰化位点的识别方法
本发明属于生物信息学与计算生物学交叉领域,涉及基于实体知识驱动的语言模型对琥珀酰化位点的识别方法。该方法先融合氨基酸组成(AAC)、One‑Hot编码及基于残基距离的特征(DR)构建多维复合特征集,再将实体知识增强的LUKE模型与鲁棒性优化...
多阶段基因数据精确匹配方法和系统
本申请涉及多阶段基因数据精确匹配的方法及系统,其包括:根据预先设定的初始长度K,从待处理的读段序列选取连续的K个碱基作为检索字符串,通过Kmer‑Index算法从预先按照长度K构建的哈希表中确定所述检索字符串在参考基因组的匹配区间;在所述匹...
一种病原微生物的检测方法、装置、终端设备和程序产品
本申请提供一种病原微生物的检测方法、装置、终端设备和程序产品,其方法包括:确定待测样本对应的多个测序序列;针对每一测序序列,将测序序列与参考数据库进行BLASTN比对,确定与测序序列匹配的匹配序列;针对每个待测病原微生物,根据匹配序列确定与...
基于深度学习的高通量基因测序数据分析系统
本发明公开了基于深度学习的高通量基因测序数据分析系统,具体涉及生物信息学技术领域,该系统首先对多源测序读段进行质控与统一坐标映射,构建统一张量表示;进而通过深度特征提取网络融合外部信息,生成综合特征向量,并利用梯度提升树模型计算变异综合风险...
基于支气管肺泡灌洗液mNGS菌群预测ICU患者结局的系统
本发明涉及分子生物医学技术领域,特别是涉及一种基于支气管肺泡灌洗液mNGS菌群结合机器学习预测ICU患者结局的方法及系统,本发明公开的mNGS检测技术步骤包括肺泡灌洗液中核酸提取、文库构建、上机测序、菌群分析及机器学习预测模型的构建。利用本...
一种亲本基因组育种值精准评估的标记筛选与模型构建方法
本发明公开了一种亲本基因组育种值精准评估的标记筛选与模型构建方法,属于分子育种与基因组学技术领域。该方法包括:获取参考群体的基因分型数据及目标性状表型数据,并进行数字化编码;计算各标记位点的次要等位基因频率(MAF)和连锁不平衡分数(LD ...
一种基于病理图像的空间基因表达图谱预测方法
本发明提供一种基于病理图像的空间基因表达图谱预测方法,涉及生物医学技术领域,该方法为通过对病理图像进行高分辨率数字化扫描,得到原始染色图像;将原始染色图像与空间表达矩阵聚合,得到训练数据集;利用训练数据集对图谱预测模型进行训练,得到训练好的...
一种基于共识峰识别的群体表观遗传分析方法及系统
本发明提供了一种基于共识峰识别的群体表观遗传分析方法及系统,属于生物信息学技术领域,方法包括:S1、基于位置偏移阈值和最小样本比例从多样本峰文件中识别共识峰;S2、基于片段/读段计算共识峰的覆盖深度,得到原始峰强度矩阵;S3、通过GC含量分...
环境样品中抗生素耐药基因的溯源解析及其多生境同源性评估方法
本发明公开了一种环境样品中抗生素耐药基因的溯源解析及其多生境同源性评估方法,服务于耐药基因的跨生境传播及潜在来源的识别;包括:1)建立各环境样品中抗生素耐药基因的多元丰度矩阵,利用机器学习算法构建耐药基因溯源模型,精准预测不同生境对目标生境...
一种基于胰腺癌相关基因组标志物的胰腺癌风险预估方法和系统
本发明公开了一种基于胰腺癌相关基因组标志物的胰腺癌风险预估方法和系统。该方法包括:采集待评估对象的基础信息和外周血样本;对所述外周血样本进行基因检测,获取包括单核苷酸多态性位点和胰腺癌相关罕见胚系突变基因在内的基因组标志物数据;对所述基因组...
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